Проект "Фобос-Грунт" имеет фундаментальное научное значение. Основной его целью является доставка на Землю образцов грунта малого небесного тела — естественного спутника Марса Фобоса. По современным представлениям вещество Фобоса, как и других малых тел Солнечной системы, сохраняет исходный первичный материал протопланетного облака (реликтовое вещество), из которого образовались планеты Солнечной системы. Доставка этого вещества на Землю с целью детальных исследований его состава в лабораторных условиях имеет принципиальное значение для решения одной из фундаментальных проблем естествознания — проблемы происхождения и эволюции Солнечной системы.

Проект был предложен Институтом прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, НПО им. С.А. Лавочкина и НИИПМиЭ МАИ. Он поддержан ИКИ и ГЕОХИ им. Вернадского В.И. РАН.

Проект "Фобос-Грунт" имеет важное научно-техническое значение. Его осуществление позволит решить задачу создания и отработки в нашей стране межпланетного КА нового поколения для научных исследований в дальнем космосе. Этот аппарат разрабатывается на базе современных эффективных технологий с учетом большого опыта, накопленного в стране при полетах к Луне и планетам. Во многих предыдущих отечественных полетах для выведения КА на траекторию полета к Луне и планетам использовались тяжелый носитель ("Протон") и разгонный блок ("Д"), работающие на химическом топливе. В более ранних полетах успешно использовался носитель среднего класса "Молния" и разгонный блок "Л". Для существенного снижения затрат на реализацию научных проектов ("Фобос-Грунт" и др.) на базе КА нового поколения найдено техническое решение, позволившее использовать ракету-носитель среднего класса. Космический аппарат, выведенный на орбиту ИСЗ, с помощью своей двигательной установки доразгоняется до необходимой гиперболической скорости отлета от Земли. Один из вариантов проекта предполагает оснащение КА электроракетной двигательной установкой (ЭРДУ), которая обеспечивает выведение на орбиту Марса максимальной полезной массы.

Проект также имеет важное общественно-политическое значение. После 20-летнего перерыва в полетах наших КА к Луне и планетам успешное осуществление такого проекта позволит восстановить авторитет нашей страны в планетных космических исследованиях.