Помимо работы на кафедре МФТИ, базирующейся в ИПМ, ученые Института заняты педагогической работой в ведущих вузах Москвы.
Долгие годы совместной работы связывают Институт с Московским государственным университетом им. М.В.Ломоносова. Основателем и первым деканом факультета вычислительной математики и кибернетики был академик А.Н.Тихонов. Он же возглавлял кафедру математики на физическом факультете. Это определило уровень математической подготовки будущих физиков. На механико-математическом факультете МГУ кафедрой теоретической механики и мехатроники заведует академик Д.Е.Охоцимский. Наши ученые работают также на кафедрах дискретной математики, процессов управления и вычислительной механики. Сотрудники Института читают лекции, ведут семинары и, главное, руководят курсовыми и дипломными работами и тем самым эффективно готовят для нас новые молодые кадры.
Аналогичные связи Институт имеет с Московским инженерно-физическим институтом (Техническим университетом), Московским государственным техническим университетом им. Н.Э.Баумана и рядом других учебных заведений. Сотрудники Института активно участвуют в работе всероссийских и международных научных съездов, конференций, школ.
В Институте проводятся конкурсы молодых ученых. По результатам аттестации аспирантов присуждаются стипендии им. М.В.Келдыша. В 2003 году двенадцать сотрудников ИПМ получили гранты РФФИ для молодых ученых.